安装一个R包需要“十二时辰”?

一直想给大家介绍clusterProfiler这个包,网上有很多大佬用它做GO、KEGG富集分析教程,于是着手安装试试看。

 

clusterProfiler包放在Bioconductor上,所以它的安装不是普通的install.packages()函数能解决的。注意,Bioconductor上有些R包只提供源码版,所以在安装R包前需安装Rtools(windows)。

clusterProfiler的安装方法

 

#安装clusterProfiler包,安装较耗时,请耐心等待;

if(!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))

 install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("clusterProfiler")

 

#这个包也有很多依赖的包,如果报错提示,"GO.db"这个包没装成功,可单独装这个包;

BiocManager::install("GO.db")

 

#接着安装研究物种相应的注释包,如安装人的:

BiocManager::install("org.Hs.eg.db")

 

装clusterProfiler包虽然费时,但也装上了,可到了装org.Hs.eg.db就令人奔溃了,反复试了多次,每次下载到一半就报错,想死的心都没了!最后,还是决定本地安装。

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