这款建树速度超快的工具,盘它!

随着基因组数目的增加,挑选「同源基因」和序列联配计算的难度都在增加。如何更加充分地利用全基因组信息并且使分类变得更加准确一直困扰着许多科研工作者。


今天介绍的这款工具,是由复旦大学基于组分矢量构树法开发的一款软件,组分矢量构树法(Composition vector tree,简称 CVTree)。



CVTree 的特点

1. 首先统计基因组中特定长度短串组,为每个物种构造了一个高维代表矢量,然后用矢量之间的余角余弦计算物种间的遗传距离,最后使用邻接法进行构树。


2. 使用起来方便简单,不需要自己来挑选同源基因,也不进行序列比对,所以从根本上避开了人为干预对结果可能产生的影响.

3. 具有比传统方法更高的分辨能力,为了更加方便用户使用以及适应基因组数据的增加,该研究组又开发并更新了现如今的 CVTree3 网络服务器,让我们一起去探索吧。

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